Seit den frühen 1990er Jahren waren Fachleute des SED an der wissenschaftlichen Vorbereitung des Atomteststoppvertrags und der Planung des Überwachungssystems beteiligt. Nachdem die Schweiz 1996 den Vertrag unterschrieben hatte, wurde der SED zum nationalen Datenzentrum für den CTBT bestimmt. Seitdem stellt der SED gemeinsam mit dem
Labor Spiez des Eidgenössisches Departements für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS), das für die Radionuklid-Messungen zuständig ist, auch die wissenschaftlichen Expertinnen und Experten für die technische Arbeitsgruppe der CTBTO.
Die verschiedenen Aufgaben des SED im Rahmen der Schweizer Beteiligung am Atomteststoppvertrag wurden 1996 in einem vom Eidgenössischen Department für auswärtige Angelegenheiten (EDA) und vom Department des Inneren (EDI) gemeinsam eingebrachten Bundesratsbeschlusses festgelegt:
- Betrieb der Station DAVOX als Teil des internationalen Überwachungssystems
- Betrieb des Nationales Datenzentrums
- Beteiligung an relevanten Arbeitsgruppen und Aktivitäten
- Information für Behörden und thematische Forschung
Zudem beteiligt sich der SED im Auftrag der Schweiz an Sitzungen der Arbeitsgruppe B am Vienna International Centre (VIC) in Wien.